02b_decouverte finalized + datasets moves to inst/extdata

Author: phgrosjean

DESCRIPTION

@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: BioDataScience
 Type: Package
-Version: 0.2.0
+Version: 0.3.0
 Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science
 Description: Interactive documents using learnr for studying biological data science.
 Authors@R: c(

TODO

@@ -7,7 +7,7 @@
 - Create an RStudio addin to run tutorial and monitor progression (and check if
   data is pending, and if so, propose to send it by email).
 
-- Explanation about how to use the tutorial interface.
+- Explanation about how to use the tutorial interface (vignette).
 
 - Translate buttons (.js file).
 

data-raw/achatina.csv renamed to inst/extdata/achatina.csv

@@ -3,10 +3,10 @@ title: "Les bases de R : découverte de l'outil"
 author : "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
 tutorial:
   id: "sdd1.02a"
-  version: 0.1.0
+  version: 1.0.0
 output: 
   learnr::tutorial:
-    progressive: TRUE
+    progressive: true
 runtime: shiny_prerendered
 ---
 
@@ -406,7 +406,7 @@ Un petit exercice, maintenant :
 
 - Calculez le logarithme de `x`,
 
-- **Ensuite** calculez en la moyenne, en écartant les valeurs manquantes,
+- **Ensuite** calculez-en la moyenne, en écartant les valeurs manquantes,
 
 - **Ensuite** arrondissez le nombre obtenu à deux décimales
 
@@ -450,7 +450,7 @@ Durant cette séance, vous avez appris à :
 
 Laissez nous vos impressions sur cet outil pédagogique ou expérimentez encore dans la zone ci-dessous. Rappelez-vous que pour placer un commentaire dans une zone de code R, vous devez utilisez un dièse (`#`) devant vos phrases.
 
-```{r comm, exercise=TRUE, exercise.lines = 8}
+```{r comm, exercise=TRUE, exercise.lines=8}
 # Ajout de commentaires 
 # ...
 ```

data-raw/Lux_hobo.csv renamed to inst/extdata/lux_hobo.csv

@@ -285,7 +285,7 @@ <h2>R, les assignations</h2>
 <h2>R, les fonctions</h2>
 <p>Les fonctions sont très importantes dans R. C’est elles qui effectuent tous vos calculs. Pour appeler une fonction, on utilise son nom suivi d’une parenthèse, et éventuellement un ou plusieurs arguments fournis à l’intérieur de la parenthèse et séparés par une virgule <code>fun_name(arg1, arg2, ...)</code>. Voici un exemple d’une fonction appelée sans argument :</p>
 <pre class="r"><code>Sys.Date()</code></pre>
-<pre><code>[1] &quot;2018-09-23&quot;</code></pre>
+<pre><code>[1] &quot;2018-10-01&quot;</code></pre>
 <p>Une autre fonction appelée avec un seul argument :</p>
 <pre class="r"><code>x &lt;- 1:4
 sum(x)</code></pre>
@@ -379,7 +379,7 @@ <h2>Imbrication et chaînage</h2>
 <p>Mais dans ce dernier cas, la lecture devient plus difficile. On peut aussi <strong>chaîner</strong> des instructions avec l’opérateur <code>%&gt;.%</code> dans la version <code>SciViews::R</code> qui charge des “packages” supplémentaires pour fournir des fonctions en plus de R de base :</p>
 <pre class="r"><code># Installer SciViews::R
 SciViews::R</code></pre>
-<pre><code>── Attaching packages ──────────────────────────────────────────────────────────────── SciViews::R 1.1.0 ──</code></pre>
+<pre><code>── Attaching packages ────────────────────────────────────────────────────────────── SciViews::R 1.1.0 ──</code></pre>
 <pre><code>✔ SciViews  1.1.0       ✔ purrr     0.2.5  
 ✔ chart     1.2.0       ✔ readr     1.1.1  
 ✔ flow      1.1.0       ✔ tidyr     0.8.1  
@@ -388,7 +388,7 @@ <h2>Imbrication et chaînage</h2>
 ✔ forcats   0.3.0       ✔ tidyverse 1.2.1  
 ✔ stringr   1.3.1       ✔ lattice   0.20.35
 ✔ dplyr     0.7.6       ✔ MASS      7.3.50 </code></pre>
-<pre><code>── Conflicts ───────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
+<pre><code>── Conflicts ─────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
 ✖ dplyr::filter()                  masks stats::filter()
 ✖ dplyr::lag()                     masks stats::lag()
 ✖ chart::scale_color_continuous()  masks ggplot2::scale_color_continuous()
@@ -410,7 +410,7 @@ <h2>Imbrication et chaînage</h2>
 <ul>
 <li><p>Créez un vecteur <code>x</code> qui contient <code>13</code>, <code>19</code>, <code>NA</code> et <code>21</code>,</p></li>
 <li><p>Calculez le logarithme de <code>x</code>,</p></li>
-<li><p><strong>Ensuite</strong> calculez en la moyenne, en écartant les valeurs manquantes,</p></li>
+<li><p><strong>Ensuite</strong> calculez-en la moyenne, en écartant les valeurs manquantes,</p></li>
 <li><p><strong>Ensuite</strong> arrondissez le nombre obtenu à deux décimales</p></li>
 </ul>
 <div class="tutorial-exercise" data-label="chain" data-caption="Code R" data-completion="1" data-diagnostics="1" data-startover="1" data-lines="8">
@@ -471,7 +471,7 @@ <h2>Conclusion</h2>
 </script>
 
 <script type="application/shiny-prerendered" data-context="server">
-learnr:::register_http_handlers(session, metadata = list(id = "sdd1.02a", version = "0.1.0"))
+learnr:::register_http_handlers(session, metadata = list(id = "sdd1.02a", version = "1.0.0"))
 </script>
 
 <script type="application/shiny-prerendered" data-context="server">