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Commit 8e807b9

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revision of A01LA_outils for the academic year 2021-2022
1 parent 6497dd3 commit 8e807b9

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‎inst/tutorials/A01La_outils/A01La_outils.Rmd‎

Lines changed: 42 additions & 53 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,10 +1,10 @@
11
---
22
title: "Les différents outils"
33
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
4-
description: "**SDD I Module 1** Découverte de la SciViews Box, RStudio, Markdown & Git."
4+
description: "**SDD I Module 1** Découverte de GitHub, Markdown, Git, Renku & RStudio."
55
tutorial:
66
id: "A01La_outils"
7-
version: 2.0.0/14
7+
version: 3.0.0/10
88
output:
99
learnr::tutorial:
1010
progressive: true
@@ -26,22 +26,56 @@ BioDataScience1::learnr_server(input, output, session)
2626

2727
----
2828

29-
<!-- TODO: rework this, and possibly split into svbox and git. Make sure to have between 5 and 10 exercices per learnr! -->
30-
3129
## Objectifs
3230

3331
- Vérifier que la terminologie relative aux différents outils logiciels qui seront utilisés est connue.
34-
- Auto-évaluer sa compréhension des différents actions 'Git'.
32+
- Auto-évaluer sa compréhension des différentes actions 'Git'.
3533

3634
## Outils logiciels
3735

38-
Répondez aux questions ci-dessous après avoir lu attentivement la théorie correspondante.
36+
Vous avez découvert tout au long de ce premier module de nombreux outils logiciels qui nous avons sélectionné pour vous. Répondez aux questions ci-dessous afin de vous assurer que vous avez compris ces outils.
37+
38+
```{r qu_tools}
39+
quiz(
40+
question( "Quel outil est un logiciel de gestion de versions ?",
41+
answer("Git", correct = TRUE, message = "En effet, Git est un gestionnaire de version très employé."),
42+
answer("RStudio", message = "RStudio est un environnement complet et optimisé pour réaliser vos analyses, vos graphiques et vos rapports."),
43+
answer("Renku", message = "Renku permet de lancer une fenêtre RStudio avec tous les packages dont nous avons besoin pour réaliser des analyses en sciences des données."),
44+
answer("GitHub", message = "GitHub est un réseau social centré sur un gestionnaire de versions de projet."),
45+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
46+
),
47+
question("Quel est le rôle de la fenêtre `Console` dans RStudio ?",
48+
answer("Cette fenêtre est dédiée à l'exécution de code R.", correct = TRUE),
49+
answer("Cette fenêtre permet de lire les pages d'aide des fonctions."),
50+
answer("Cette fenêtre permet de visualiser un graphique."),
51+
answer("Cette fenêtre est dédiée à l'édition de documents."),
52+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
53+
),
54+
question("Dans un projet RStudio fictif,quel est le rôle du fichier terminant par l'extension `.Rproj` ?",
55+
answer("Ce fichier sert à configurer le projet RStudio.", correct = TRUE),
56+
answer("Ce fichier sert à exclure des fichiers du gestionnaire de versions."),
57+
answer("Ce fichier comprend toutes les instructions R du projet."),
58+
answer("Il s'agit d'un dossier compressé qui comprend toutes les figures générées dans un projet."),
59+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
60+
),
61+
question("Que sont les Issues sur GitHub ?",
62+
answer("Il s'agit d'un espace de discussion qui permet de mettre en avant un problème ou une idée d'amélioration sur un projet.", correct = TRUE),
63+
answer("Il s'agit d'une messagerie instantanée comme Facebook Messenger ou WhatsApp."),
64+
answer("Il s'agit d'une interface qui permet de lancer une fenêtre RStudio."),
65+
answer("Il s'agit d'une machine virtuelle qui permet de lancer des outils professionnels liés à la science des données."),
66+
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
67+
)
68+
)
69+
```
70+
3971

4072
## Analyse de situation Git
4173

74+
Le gestionnaire de version Git est un outil puissant, mais complexe. C'est souvent le cas lorsqu'on utilise un outil professionnel. Git a une terminologie qui lui est propre. Vous devez vous assurer d'avoir compris les termes suivants : repository, commit, clone, push, pull, fork, pull request. Analysez les situations suivantes basées sur les images schématisant la situation.
75+
4276
### Situation 1
4377

44-
Deux chercheurs distants de plusieurs centaines de kilomètres, collaborent sur un projet commun. Ils ont pour cela décidé d'employer un outil de gestion de version et d'héberger ce projet sur un système d'hébergement web dédié pour cela.
78+
Deux chercheurs distants de plusieurs centaines de kilomètres collaborent sur un projet commun. Ils ont pour cela décidé d'employer un outil de gestion de version et d'héberger ce projet sur un système d'hébergement web dédié pour cela.
4579

4680
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
4781

@@ -84,7 +118,7 @@ quiz(
84118

85119
### Situation 2
86120

87-
Le chercheur 2 s'intéresse au projet du chercheur 1, travaille dessus et propose des modifications afin l'améliorer.
121+
Le chercheur 2 s'intéresse au projet du chercheur 1, travaille dessus et propose des modifications afin de l'améliorer.
88122

89123
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
90124

@@ -126,51 +160,6 @@ quiz(
126160
```
127161

128162

129-
### Situation 3
130-
131-
Le chercheur 2 vient d'intégrer le projet que le chercheur 1 réalisait seul. Il doit donc acquérir le dépôt pour la première fois sur sa machine avant de pouvoir contribuer à ce projet.
132-
133-
Sur base de l'image ci-dessous et de la situation précisée précédemment, répondez aux questions suivantes.
134-
135-
![](images/clone.png)
136-
137-
138-
```{r qu_git3}
139-
quiz(
140-
question("Qualifiez la situation **A**",
141-
answer("commit"),
142-
answer("clone", correct = TRUE),
143-
answer("push"),
144-
answer("pull"),
145-
answer("fetch"),
146-
answer("fork"),
147-
answer("pull request"),
148-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
149-
),
150-
question("Qualifiez la situation **B**",
151-
answer("commit", correct = TRUE),
152-
answer("clone"),
153-
answer("push"),
154-
answer("pull"),
155-
answer("fetch"),
156-
answer("fork"),
157-
answer("pull request"),
158-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
159-
),
160-
question("Qualifiez la situation **C**",
161-
answer("commit"),
162-
answer("clone"),
163-
answer("push", correct = TRUE),
164-
answer("pull"),
165-
answer("fetch"),
166-
answer("fork"),
167-
answer("pull request"),
168-
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE
169-
)
170-
)
171-
```
172-
173-
174163
## Conclusion
175164

176165
Vous avez beaucoup de nouveaux outils logiciels à découvrir. Nous progresserons étape par étape pour les maîtriser. Pour l'instant, l'important est d'avoir une vue d'ensemble des différents logiciels utilisés et de comprendre la terminologie de Git.

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