BioDeep物质鉴定平台(http://msms.biodeep.cn/)主要是由7大模块部分构成的：
提供了科研人员进行物质鉴定的实验数据的分析操作的入口点：用户可以在项目管理器页面上进行增加，修改，编译和删除自己的标准品库的操作。
提供了科研人员的实验课题的原始实验数据的上传操作的接口。科研人员必须要先在本页面上进行注释信息文件以及数据文件上传操作之后并且编译该标准品库才能够进行注释任务时选择自建的标准品库。
提供了标准品库编译以及配置接口。用户可以通过本页面对标准品库进行编译，以及标准品库配置的填写
提供了用来创建注释任务时的数据、标准品库选择界面，科研人员可以根据实际情况选择需要的样本数据以及标准品库，从而能够使程序计算出最好的结果数据。
提供了查看计算任务的运行状态，以及提供结果数据文件的下载操作。
提供了查看共享标准品库市场的查看以及收藏操作。
提供了Biodeep标准品库的查看接口