removes html tags

Author: xieguigang

README.md

@@ -4,8 +4,14 @@
 
 ## BioDeep workflow
 
+<br/>
+<br/>
+
 ![](user-guide/images/workflows.png)
 
+<br/>
+<br/>
+
 + [MetaDeco](./metadeco)
 + [MetAnno](./metanno)
 + [MetaDiscovery](./metadiscovery)
@@ -17,8 +23,15 @@
 > + 1.BioNovoGene. BioDeep/mzXML-web: BioDeep m/z math module. (2018). doi:10.5281/zenodo.1406730 <a href="https://zenodo.org/badge/latestdoi/145670434"><img src="https://zenodo.org/badge/145670434.svg" alt="DOI" style="width: 200px;"></a>
 > + 2.BioNovoGene. BioDeep/KEGG.molDraw: 2D Molecule Structure Drawer for KEGG KCF Model. (2019). doi:10.5281/zenodo.2532222 <a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.2532222"><img src="https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.2532222.svg" alt="DOI" style="width: 200px;"></a>
 
+<br/>
+<br/>
+
 ![](user-guide/logo@2x_2.png)
 
+<br/>
+<br/>
+
+
 ## 使用问题提交与新功能请求
 
 您可以通过两种方式来反馈BioDeep平台使用中所遇到的错误和问题：

metadeco/1.3projects.md

@@ -15,19 +15,19 @@
 点击【新增】，弹出新建对话框，填写项目名称以及选择项目类型，项目图片及项目描述选填。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/new_project.png" class="fancybox" data-rel="fancybox"> 
+ 
 ![](user-guide/metadeco/images/new_project.png) 
-</a>
+
 <p>
 <br/>
 <br/>
 
 编辑完项目信息之后，可以点击【文件管理】按钮可以进入文件管理页面进行原始实验数据文件的上传操作：
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/file_entry.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/file_entry.png)  
-</a>
+
 <br/>
 <br/>
 
@@ -36,9 +36,9 @@
 除了新增项目，在该页面也可以使用修改按钮对创建的项目进行修改，或者选择【创建任务】对已经上传数据创建新的分析任务，当然还可以使用【查看任务】来查看已经提交的任务。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/project_buttons.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/project_buttons.png)
-</a>
+
 <br/>
 <br/>
 在页面的右边，每一个项目都会有三个操作按钮：

metadeco/1.4files.md

@@ -15,6 +15,7 @@
 + **直接分析**：点击这个按钮将会跳转到参数编辑页面，以供用户进行解卷积计算任务的创建操作
 <br/>
 <br/>
+
 > 请注意：在进行任务创建的时候，<span style="color:red;">要求用户至少选择一组原始数据</span>。假若解卷积的结果数据还需要上传至**``BioDeep``**在线计算分析平台进行多元统计分析，<span style="color:red;">则至少要求用户的数据有两组实验数据</span>。故而当用户只选择了一个实验分组的数据的时候，可以成功的进行一级质谱结果数据的解卷积操作，但是却无法正常的进行后续的实验数据的多元统计分析操作。
 
 ### **使用文件管理器**
@@ -26,23 +27,18 @@
 为了能够进行后续的实验数据的比对计算分析，我们需要了解实验数据之中的分组信息。在这里我们点击【新增组别】跳出新建组别对话框，填写组别名称并确认即可完成实验组别的建立操作。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/new_group.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
-![](user-guide/metadeco/images/new_group.png) 
-</a>
+
+![](user-guide/metadeco/images/new_group.png)
 
 #### **进行文件上传**
 
 进行文件上传之前，需要用户先选中对应的一个实验分组的文件夹。新增组别后，选择相应分组之后，点击【添加文件】按钮，上传原始数据至相应的实验分组文件夹中。目前支持的原始数据文件类型：``*.mzXML``, ``*.mzData``, ``*.mzML``, ``*.netCDF``。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/start_upload.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
 ![](user-guide/metadeco/images/start_upload.png)
-</a>
 <br/>
 <br/>
 在原始数据文件上传对话框中点击【添加文件】，选择文件后点击【开始批量上传】，等待完成即可。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/upload-files.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
-![](user-guide/metadeco/images/upload-files.png)
-</a>
+![](user-guide/metadeco/images/upload-files.png)

metadeco/1.5parameters.md

@@ -11,23 +11,22 @@
 当选择完数据集跳转到当前的参数编辑页面之后，可以直接点击工具条上的【使用默认参数】按钮，直接使用系统默认的参数组来进行解卷积的计算分析操作。在弹出来的对话框之中，用户可以通过从列表之中选择一组已经为特定的实验类型以及实验设备而进行优化过之后的参数直接创建计算分析任务。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/using_default.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/using_default.png)
-</a>
+
 <br/>
 可以对默认参数进行修改，包括预设参数、任务名称、特征检测等项，修改完成后点击【创建任务】跳转至任务界面。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/edit_parameters.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/edit_parameters.png)
-</a>
+
 <br/>
 
 ### **使用自定义参数**
 
 您也可以使用自定义参数按钮保存自己的参数，方便之后对不同组别文件进行分析，而不用每次修改参数。如果需要进行自定义参数的建立，可以点击工具条上面的【+自定义参数】在现有的系统默认参数的基础上，创建一组适合于自己的实验条件的计算参数。当点击了【+自定义参数】这个按钮之后，在弹出来的对话框之中，可以先从下拉框中选择一组为特定的实验条件和设备优化过的参数组，然后在这个已有的数据基础之上进行自定义修改，填完参数组名称之后点击保存即可创建出了一组为自己的实验而进行优化的参数组。如果想进行进一步的修改操作，可以点击相应的自定义参数组的编辑参数按钮进行进一步的修改操作。之后就可以点击【直接分析】按钮开始进行解卷积计算分析了。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/create_task.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/create_task.png)
-</a>

metadeco/1.6tasks.md

@@ -7,9 +7,9 @@
 任务管理器页面主要是查看用户使用者创建的任务的运行状态以及处理结果数据文件的下载功能。用户可以通过两种方式进行任务列表页面：直接点击导航栏的【任务列表】链接将会跳转进入此页面，这时候用户浏览的是自己的所有项目的所有任务组成的列表；也可以在项目主页之中点击对应的项目的【查看任务】按钮进入本列表页面，这时候用户浏览的则是所对应的项目的任务列表。
 <br/>
 <br/>
-<a href="user-guide/metadeco/images/task_list.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadeco/images/task_list.png)
-</a>
+
 <br/>
 每一个计算任务都有任务名称，任务状态，任务的创建时间，开始时间以及结束时间和操作按钮这6列属性所构成。其中任务的名称是为了方便用户对所创建的任务的正确辨别而设立的。任务的运行状态可以在列表表格的第二列【状态】列查看，在这一列之中我们使用下列的颜色来表示对应的状态：
 <br/>

metadiscovery/1.2new_project.md

@@ -10,9 +10,9 @@
 <br/>
 <br/>
 <p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/new_project.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/new_project.png)
-</a>
+
 </p>
 <br/>
 <br/>

metadiscovery/1.3data_upload.md

@@ -9,22 +9,18 @@
 项目新增完成后点击【分析文件】。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_analysis.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_analysis.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
 准备原始数据即上传XCMS程序处理过的矩阵文件（包含代谢物、每个样本代谢物的响应），格式支持txt以及csv 。原始数据准备完成后，点击【上传文件】。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
@@ -33,44 +29,36 @@
 【样本meta信息】准备完成后，点击【样本meta信息】上传。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload3.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload3.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
 上传完成后，可以点击编辑控件，可以对每组的图形颜色以及命名方式进行修改。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload4.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload4.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
 点击【样本选择】，可以修改每个样本的命名方式、分组信息、进样顺序。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload5.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload5.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
 点击【绘图参数】，可以修改每组样本的颜色以及形状。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload6.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload6.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>
 
@@ -79,10 +67,8 @@
 准备【代谢物meta信息】，上传代谢物通路分析信息，格式支持txt以及csv。【代谢物meta信息】准备完成后，点击【样本meta信息】上传，上传后勾选要做的分析，直接点击【直接分析】。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
-<a href="user-guide/metadiscovery/images/file_upload7.png" class="fancybox" data-rel="fancybox">
+
 ![](user-guide/metadiscovery/images/file_upload7.png)
-</a>
-</p>
+
 <br/>
 <br/>