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Commit e0cd575

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CharlesPignerolCharlesPignerol
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Merge pull request #14 from LIHPC-Computational-Geometry/disable_mli_writer
Lima v 7.11.0. Disabling (default) writes in mli format. Cmake suppor…
2 parents 295143f + 764815b commit e0cd575

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13 files changed

+51
-68
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13 files changed

+51
-68
lines changed

‎CMakeLists.txt‎

Lines changed: 1 addition & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -18,6 +18,7 @@ option (SUMESH "Utilisation de la bibliothèque de sumesh." ON)
1818

1919
# Les formats de fichiers optionnellement supportés :
2020
option (FORMAT_MLI "Format obsolète déconseillé en externe. Requiert HDF145." ON)
21+
option (WRITER_MLI "Ecrivain du format obsolète. Requiert FORMAT_MLI." FALSE)
2122
option (FORMAT_MLI2 "Format remplaçant le format MLI recommandé partout. Requiert HDF 5 v >= 1.10.0." ON)
2223

2324
# Binaires optionnels :

‎cmake/version.cmake‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -3,8 +3,8 @@
33
#
44

55
set (LIMA_MAJOR_VERSION "7")
6-
set (LIMA_MINOR_VERSION "10")
7-
set (LIMA_RELEASE_VERSION "3")
6+
set (LIMA_MINOR_VERSION "11")
7+
set (LIMA_RELEASE_VERSION "0")
88
set (LIMA_VERSION ${LIMA_MAJOR_VERSION}.${LIMA_MINOR_VERSION}.${LIMA_RELEASE_VERSION})
99

1010

‎installation.txt‎

Lines changed: 5 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -8,6 +8,8 @@ Elle requiert une version supérieure ou égale à la version 3.20.0 de cmake. L
88
CONFIGURATION DE BASE : lecteurs mali mli mli2 ideas gibi castem modulef [icemcfd] dyna2d dyna3d abaqus
99
=======================
1010

11+
A noter qu'à partir de la version 7.11.0 l'écrivain mli est désactivé.
12+
1113

1214
Exemples de compilation/installation :
1315

@@ -20,7 +22,7 @@ cmake -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -DCMAKE_
2022
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON -DBUILD_XLMLIMA=ON -DBUILD_TESTS:BOOL=ON -DBUILD_SCRIPTING:BOOL=ON -DMACHINE_TYPES:BOOL=OFF -DSUMESH:BOOL=OFF -DFORMAT_MLI:BOOL=OFF -DFORMAT_MLI2:BOOL=ON -DFORMAT_MLI2:BOOL=ON \
2123
-DBUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON -DINT_8:BOOL=ON -DREAL_8:BOOL=ON \
2224
-DSWIG_EXECUTABLE=/opt/swig/4.1.1/bin/swig -DPython2_ROOT_DIR=/usr/lib/python2.7 -DHDF5_ROOT=/opt/HDF5/1.12.0 \
23-
-B /tmp/lima_build_dir -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Lima/7.10.3
25+
-B /tmp/lima_build_dir -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Lima/7.11.0
2426
cmake --build /tmp/lima_build_dir
2527
cmake --install /tmp/lima_build_dir
2628

@@ -30,7 +32,7 @@ cmake -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -DCMAKE_
3032
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON -DBUILD_XLMLIMA=ON -DBUILD_TESTS:BOOL=ON -DBUILD_SCRIPTING:BOOL=ON -DMACHINE_TYPES:BOOL=ON -DSUMESH:BOOL=ON -DFORMAT_MLI:BOOL=ON -DFORMAT_MLI2:BOOL=ON \
3133
-DBUILD_SHARED_LIBS:BOOL=ON -DINT_8:BOOL=ON -DREAL_8:BOOL=ON \
3234
-DSWIG_EXECUTABLE=/opt/swig/4.1.1/bin/swig -DPython2_ROOT_DIR=/usr/lib/python2.7 -DHDF5_ROOT=/opt/HDF5/1.12.0 -DHDF145_INCLUDE_DIR=/opt/hdf145/1.3.0/include -DHDF145CPP_LIBRARY=/opt/hdf145/1.3.0/lib/libhdf145_cpp.so -DHDF145_LIBRARY=/opt/hdf145/1.3.0/lib/libhdf145.so \
33-
-B /tmp/lima_build_dir -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Lima/7.10.3
35+
-B /tmp/lima_build_dir -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Lima/7.11.0
3436
cmake --build /tmp/lima_build_dir
3537
cmake --install /tmp/lima_build_dir
3638

@@ -51,6 +53,7 @@ L'option -DMACHINE_TYPES:BOOL=OFF permet de désactiver l'utilisation de Machine
5153
L'option -DSUMESH:BOOL=OFF permet de désactiver l'utilisation de la bibliothèque sumesh (lissage).
5254

5355
L'option -DFORMAT_MLI:BOOL=OFF permet de désactiver le lecteur/écrivain obsolète "mli" qui repose sur la bibliothèque HDF 5 1.4.5.
56+
L'option -DWRITER_MLI:BOOL=ON permet de réactiver l'écrivain obsolète "mli" à condition que FORMAT_MLI soit positionné à ON.
5457
L'option -DDISABLE_MLI_WARNING:BOOL=ON, fortement déconseillée, permet de désactiver l'affichage en bleu dans la console d'un avertissement signalant l'utilisation de ce lecteur/écrivain obsolète "mli".
5558

5659
L'option -DFORMAT_MLI2:BOOL=OFF permet de désactiver le lecteur/écrivain "mli2" qui repose sur une version supérieure ou égale à 1.10.0 de la bibliothèque HDF 5.

‎src/Lima/CMakeLists.txt‎

Lines changed: 3 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -46,6 +46,9 @@ if (${HDF145_FOUND})
4646
message (STATUS "======================> Ajout du support du format mli")
4747
list (APPEND EXTERNAL_LIBS_FLAGS "HDF5_1_4_3")
4848
list (APPEND EXTERNAL_LIBS_FLAGS "-D__INTERNE_MALIPP")
49+
if (WRITER_MLI)
50+
list (APPEND EXTERNAL_LIBS_FLAGS "-D__INTERNE_MALIPP_WRITER")
51+
endif (WRITER_MLI)
4952
target_link_libraries (Lima PUBLIC HDF145::hdf145_cpp)
5053
set (MLI_SUPPORTED ON)
5154
endif (${HDF145_FOUND})

‎src/Lima/apic.cpp‎

Lines changed: 2 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -15,7 +15,7 @@
1515
#include "LimaP/maillage_it.h"
1616
#include <Lima/maillage.h>
1717

18-
#ifdef __INTERNE_MALIPP
18+
#if defined(__INTERNE_MALIPP) && defined (__INTERNE_MALIPP_WRITER)
1919
#include <Lima/malipp.h>
2020
#endif /* __INTERNE_MALIPP */
2121

@@ -1020,8 +1020,7 @@ int LM_ecrire_maillage(LM_MAILLAGE *maillage, LM_FORMAT_FICHIER format,
10201020
return 0;
10211021
}
10221022

1023-
1024-
#ifdef __INTERNE_MALIPP
1023+
#if defined(__INTERNE_MALIPP) && defined (__INTERNE_MALIPP_WRITER)
10251024
int LM_compression_zlib_malipp (int comprimer, int niveau)
10261025
{
10271026
try

‎src/Lima/apif.cpp‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -29,7 +29,7 @@
2929
#include "LimaP/fonction.h"
3030
#include "LimaP/algorithme.h"
3131

32-
#ifdef __INTERNE_MALIPP
32+
#if defined(__INTERNE_MALIPP) && defined (__INTERNE_MALIPP_WRITER)
3333
#include <Lima/malipp.h>
3434
#endif // __INTERNE_MALIPP
3535

@@ -2899,7 +2899,7 @@ void Init_attribut(_MaillageInterne* mai, att_loc pt_attach, string nom_groupe)
28992899
}
29002900

29012901

2902-
#ifdef __INTERNE_MALIPP
2902+
#if defined(__INTERNE_MALIPP) && defined (__INTERNE_MALIPP_WRITER)
29032903
void lmczmli_ (int_type* comprimer, int_type* niveau, int_type* ier)
29042904
{
29052905
try

‎src/Lima/malipp.cpp‎

Lines changed: 17 additions & 45 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -90,8 +90,7 @@ HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor ( )
9090
} // HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor
9191

9292

93-
HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor (
94-
const HDFAttributeDescriptor& ad)
93+
HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor (const HDFAttributeDescriptor& ad)
9594
{
9695
for (size_type i = 0; i < ATTRIBUT_SIZE; i++)
9796
m_name [i] = ad.m_name [i];
@@ -100,8 +99,7 @@ HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor (
10099
} // HDFAttributeDescriptor::HDFAttributeDescriptor
101100

102101

103-
HDFAttributeDescriptor& HDFAttributeDescriptor::operator = (
104-
const HDFAttributeDescriptor& ad)
102+
HDFAttributeDescriptor& HDFAttributeDescriptor::operator = (const HDFAttributeDescriptor& ad)
105103
{
106104
if (&ad != this)
107105
{
@@ -144,8 +142,7 @@ MaliPPReader::GroupeReader::GroupeReader (const GroupeReader& reader)
144142
} // GroupeReader::GroupeReader
145143

146144

147-
MaliPPReader::GroupeReader& MaliPPReader::GroupeReader::operator = (
148-
const GroupeReader& reader)
145+
MaliPPReader::GroupeReader& MaliPPReader::GroupeReader::operator = (const GroupeReader& reader)
149146
{
150147
if (&reader != this)
151148
{
@@ -1928,6 +1925,8 @@ void MaliPPReader::lire_composition_maillage ( )
19281925
// LA CLASSE MaliPPWriter
19291926
// ===========================================================================
19301927

1928+
#ifdef __INTERNE_MALIPP_WRITER
1929+
19311930
static size_t computeChunkSize (size_t count, size_t elementSize)
19321931
{
19331932
// Pour forcer la creation de blocs lors de tests :
@@ -1975,7 +1974,7 @@ MaliPPWriter::MaliPPWriter (const IN_STD string& nom_fichier, size_type num)
19751974

19761975
} // MaliPPWriter::MaliPPWriter
19771976

1978-
void MaliPPWriter::beginWrite()
1977+
void MaliPPWriter::beginWrite ( )
19791978
{
19801979
bool throwExc = false;
19811980
MutableString errorMsg;
@@ -2496,12 +2495,7 @@ void MaliPPWriter::writeNodesInfo (bool isContiguous, id_type nbNodes, id_type f
24962495
} // MaliPPWriter::writeNodesInfo
24972496

24982497

2499-
void MaliPPWriter::writeNodes (
2500-
id_type nodesChunkSize,
2501-
double* coordsX,
2502-
double* coordsY,
2503-
double* coordsZ,
2504-
id_type* ids)
2498+
void MaliPPWriter::writeNodes (id_type nodesChunkSize, double* coordsX, double* coordsY, double* coordsZ, id_type* ids)
25052499
{
25062500
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeNodes ")
25072501

@@ -2602,10 +2596,7 @@ void MaliPPWriter::writeNodeSetInfo (id_type nbSet, std::vector<std::string> set
26022596
} // MaliPPWriter::writeNodeSetInfo
26032597

26042598

2605-
void MaliPPWriter::writeNodeSetData (
2606-
std::string name,
2607-
id_type chunkSize,
2608-
id_type* ids)
2599+
void MaliPPWriter::writeNodeSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids)
26092600
{
26102601
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeNodeSetData ")
26112602

@@ -2819,10 +2810,7 @@ void MaliPPWriter::writeEdgeSetInfo (id_type nbSet, std::vector<std::string> set
28192810
} // MaliPPWriter::writeEdgeSetInfo
28202811

28212812

2822-
void MaliPPWriter::writeEdgeSetData (
2823-
std::string name,
2824-
id_type chunkSize,
2825-
id_type* ids)
2813+
void MaliPPWriter::writeEdgeSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids)
28262814
{
28272815
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeEdgeSetData ")
28282816

@@ -3067,10 +3055,7 @@ void MaliPPWriter::writeFaceSetInfo (id_type nbSet, std::vector<std::string> set
30673055
} // MaliPPWriter::writeFaceSetInfo
30683056

30693057

3070-
void MaliPPWriter::writeFaceSetData (
3071-
std::string name,
3072-
id_type chunkSize,
3073-
id_type* ids)
3058+
void MaliPPWriter::writeFaceSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids)
30743059
{
30753060
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeFaceSetData ")
30763061

@@ -3100,11 +3085,7 @@ void MaliPPWriter::writeFaceSetData (
31003085
} // MaliPPWriter::writeFaceSetData
31013086

31023087

3103-
void MaliPPWriter::writeFaceSetData (
3104-
std::string name,
3105-
id_type chunkSize,
3106-
id_type* ids,
3107-
id_type* nbNodesPerFace)
3088+
void MaliPPWriter::writeFaceSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids, id_type* nbNodesPerFace)
31083089
{
31093090
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeFaceSetData ")
31103091

@@ -3368,10 +3349,7 @@ void MaliPPWriter::writeRegionSetInfo (id_type nbSet, std::vector<std::string> s
33683349
} // MaliPPWriter::writeRegionSetInfo
33693350

33703351

3371-
void MaliPPWriter::writeRegionSetData (
3372-
std::string name,
3373-
id_type chunkSize,
3374-
id_type* ids)
3352+
void MaliPPWriter::writeRegionSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids)
33753353
{
33763354
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeRegionSetData ")
33773355

@@ -3401,11 +3379,7 @@ void MaliPPWriter::writeRegionSetData (
34013379
} // MaliPPWriter::writeRegionSetData
34023380

34033381

3404-
void MaliPPWriter::writeRegionSetData (
3405-
std::string name,
3406-
id_type chunkSize,
3407-
id_type* ids,
3408-
Lima::Polyedre::PolyedreType* regionTypes)
3382+
void MaliPPWriter::writeRegionSetData (std::string name, id_type chunkSize, id_type* ids, Lima::Polyedre::PolyedreType* regionTypes)
34093383
{
34103384
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeRegionSetData ")
34113385

@@ -3511,8 +3485,7 @@ void MaliPPWriter::writeRegionSetsAttributes ( )
35113485
} // MaliPPWriter::writeRegionSetsAttributes
35123486

35133487

3514-
void MaliPPWriter::writeComposition (const Composition& composition,
3515-
const std::string& name, CommonFG& root)
3488+
void MaliPPWriter::writeComposition (const Composition& composition, const std::string& name, CommonFG& root)
35163489
{
35173490
BEGIN_TRY_CATCH_BLOCK("MaliPPWriter::writeComposition ")
35183491

@@ -3594,6 +3567,7 @@ void MaliPPWriter::activer_compression_zlib (int niveau)
35943567
HDFHelper::activateZlibCompression (niveau);
35953568
} // MaliPPWriter::activer_compression_zlib
35963569

3570+
#endif // __INTERNE_MALIPP_WRITER
35973571

35983572

35993573
// ===========================================================================
@@ -3614,15 +3588,13 @@ HDFAttributeDescriptorType::HDFAttributeDescriptorType ( )
36143588
} // HDFAttributeDescriptorType::HDFAttributeDescriptorType
36153589

36163590

3617-
HDFAttributeDescriptorType::HDFAttributeDescriptorType (
3618-
const HDFAttributeDescriptorType& at)
3591+
HDFAttributeDescriptorType::HDFAttributeDescriptorType (const HDFAttributeDescriptorType& at)
36193592
: CompType (at)
36203593
{
36213594
} // HDFAttributeDescriptorType copy constructor
36223595

36233596

3624-
HDFAttributeDescriptorType& HDFAttributeDescriptorType::operator = (
3625-
const HDFAttributeDescriptorType&)
3597+
HDFAttributeDescriptorType& HDFAttributeDescriptorType::operator = (const HDFAttributeDescriptorType&)
36263598
{
36273599
return *this;
36283600
} // HDFAttributeDescriptorType::operator =

‎src/Lima/public/Lima/malipp.h‎

Lines changed: 7 additions & 8 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1124,8 +1124,7 @@ class MaliPPReader
11241124

11251125

11261126
/**
1127-
* Classe décrivant la structure HDFAttributeDescriptor pour le stockage
1128-
* sous HDF.
1127+
* Classe décrivant la structure HDFAttributeDescriptor pour le stockage sous HDF.
11291128
*/
11301129
class HDFAttributeDescriptorType : public IN_H5 CompType
11311130
{
@@ -1145,9 +1144,10 @@ class HDFAttributeDescriptorType : public IN_H5 CompType
11451144
}; // class HDFAttributeDescriptorType
11461145

11471146

1147+
#ifdef __INTERNE_MALIPP_WRITER
1148+
11481149
/**
1149-
* Classe ne permettant dans la version courrante que d'influer sur la
1150-
* compression des données écrites par HDF5.
1150+
* Classe ne permettant dans la version courrante que d'influer sur la compression des données écrites par HDF5.
11511151
*
11521152
* NE PAS UTILISER L'API D'ECRITURE
11531153
*
@@ -1157,8 +1157,7 @@ class MaliPPWriter
11571157
public :
11581158

11591159
/**
1160-
* Constructeur. Ouvre le fichier en écriture et écrit les données
1161-
* générales du maillage.
1160+
* Constructeur. Ouvre le fichier en écriture et écrit les données générales du maillage.
11621161
* @param Nom du fichier
11631162
* @param numéro du maillage dans le fichier
11641163
* @exception Une exception est levée en cas d'erreur
@@ -1259,8 +1258,7 @@ class MaliPPWriter
12591258

12601259
void writeMeshAttributes ( );
12611260

1262-
void writeComposition (const Composition& composition, const std::string& name,
1263-
HDF145::CommonFG& compositionGroup);
1261+
void writeComposition (const Composition& composition, const std::string& name, HDF145::CommonFG& compositionGroup);
12641262

12651263
/**
12661264
* Constructeurs et destructeur : interdits.
@@ -1385,6 +1383,7 @@ class MaliPPWriter
13851383

13861384
}; // class MaliPPWriter
13871385

1386+
#endif // __INTERNE_MALIPP_WRITER
13881387

13891388
#ifndef SWIG
13901389
END_NAMESPACE_LIMA

‎src/Lima/public/LimaP/reader_malipp.h‎

Lines changed: 3 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -92,6 +92,8 @@ class _ReaderMalipp : public _Reader {
9292
};
9393

9494
//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
95+
#ifdef __INTERNE_MALIPP_WRITER
96+
9597
class _WriterMalipp : public _Writer {
9698
public :
9799
_WriterMalipp(_MaillageInterne* mesh,
@@ -165,6 +167,7 @@ public :
165167
bool m_forceZlib;
166168
};
167169

170+
#endif // __INTERNE_MALIPP_WRITER
168171

169172
END_NAMESPACE_LIMA
170173

‎src/Lima/reader_malipp.cpp‎

Lines changed: 5 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1760,6 +1760,8 @@ void _ReaderMalipp::readGroupAttr (
17601760
} // _ReaderMalipp::readGroupAttr
17611761

17621762

1763+
#ifdef __INTERNE_MALIPP_WRITER
1764+
17631765
//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
17641766
//! Ecriture de l'indice des elements dans le champ udata
17651767
void _WriterMalipp::setDataToIndice ( )
@@ -3183,6 +3185,8 @@ void _WriterMalipp::writeComposition (const Composition& composition,
31833185
compositionAttr.write (compositionAttr.getDataType ( ), detail);
31843186
} // _WriterMalipp::writeComposition
31853187

3188+
#endif // __INTERNE_MALIPP_WRITER
3189+
31863190

31873191
static size_t computeChunkSize (size_t count, size_t elementSize)
31883192
{
@@ -3203,6 +3207,7 @@ static size_t computeChunkSize (size_t count, size_t elementSize)
32033207
return count / (chunkDivider * elementSize);
32043208
} // computeChunkSize
32053209

3210+
32063211
END_NAMESPACE_LIMA
32073212

32083213
#endif

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