Update localized tutorials from Skyline/skyline_24_1_tutorials (#3394)

Update the HTML tutorials with the translations that we got back from the localizers.

Author: nickshulman

pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/ja/index.html

@@ -234,8 +234,7 @@ <h1>キャリブラントを用いたSRMデータ分析</h1>
         <li>FOXN1-GST.RAW</li>
     </ul>
     <p>
-        これらのRAWファイルは多くのデータ群に散剤しているものから無作為に収集されたものです。Skylineで処理した結果は原文（<a
-            href="http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip">http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip</a>）の<b>Supplemental
+        これらのRAWファイルは多くのデータ群に散剤しているものから無作為に収集されたものです。Skylineで処理した結果は原文（<a href="http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip">http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip</a>）の<b>Supplemental
             Data 2</b>にあります。
     </p>
     <p>
@@ -276,7 +275,7 @@ <h2>SkylineへのRAWファイルインポート</h2>
         <li>[ <b>表示</b> ] メニューで、[ <b>グラフを配置</b> ] を選択して [ <b>タイル</b> ] をクリックします（Ctrl+T）。 </li>
         <li>[ <b>ターゲット</b> ] 表示でIEAIPQIDKペプチドを選択します。</li>
     </ul>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
         以下のように各標準の安定同位体標識（青）と未標識（赤）のクロマトグラムが同時にグラフに表示されるのがわかります。
     </p>
     <p>
@@ -431,7 +430,7 @@ <h2>校正曲線表示</h2>
         <li>[ <b>表示</b> ] メニューで、[ <b>校正曲線</b> ] をクリックします。</li>
         <li>[ <b>ドキュメントグリッド</b> ] で [ <b>繰り返し測定</b> ] 列のFOXN1-GSTをクリックします。</li>
     </ul>
-    <p>
+    <p class="keep-next">
         以下のようなグラフが表示されます。
     </p>
     <p>
@@ -440,6 +439,9 @@ <h2>校正曲線表示</h2>
     <p>
         校正曲線線に勾配と切片が表示されています。これを標準の<b>y = m * x + b</b>式と共に使用してピーク領域比と濃度を変換できます。 
     </p>
+    <p>
+        <i>比＝勾配＊濃度＋切片</i>
+    </p>
     <p>
         <i>濃度＝（ピーク領域比―切片）/勾配</i>
     </p>

pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/ja/invariant.html

@@ -493,6 +493,9 @@ <h2>View the calibration curve</h2>
         The slope and intercept are displayed on the calibration curve. They can be used to convert between peak area ratio and concentration with a
         standard <b>y = m * x + b</b> equation 
     </p>
+    <p>
+        <i>ratio = slope * concentration + intercept</i>
+    </p>
     <p>
         <i>concentration = (ratio - intercept) / slope</i>
     </p>

pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/zh-CHS/index.html

@@ -238,8 +238,7 @@ <h1>分析来自校准物的 SRM 数据</h1>
         <li>FOXN1-GST.RAW</li>
     </ul>
     <p>
-        这些 RAW 文件以随机顺序收集，并分散在大量的数据采集中。在原始论文 (<a
-            href="http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip">http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip</a>)
+        这些 RAW 文件以随机顺序收集，并分散在大量的数据采集中。在原始论文 (<a href="http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip">http://proteome.gs.washington.edu/supplementary_data/IVT_SRM/Supplementary%20Data%202.sky.zip</a>)
         的<b>补充数据 2</b> 中可以找到使用 Skyline 进行完整处理的结果。 
     </p>
     <p>
@@ -280,7 +279,7 @@ <h2>将 RAW 文件导入 Skyline：</h2>
         <li>在<b>视图</b>菜单中选择<b>排列图形</b>，然后单击<b>平铺</b> (Ctrl-T)。 </li>
         <li>在<b>目标</b>视图中选择 IEAIPQIDK 肽段。</li>
     </ul>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
         对于每个标准，您会在界面中同时看到轻（红色）重（蓝色）总色谱图，如下所示：
     </p>
     <p>
@@ -443,7 +442,10 @@ <h2>查看校准曲线</h2>
         斜率和截距显示在校准曲线上。使用标准的 <b>y = m * x + b</b> 方程式可以在峰面积比和浓度之间进行转换 
     </p>
     <p>
-        <i>（浓度 = 斜率 * 比率 + 截距）</i>
+        <i>比率 = 斜率 * 浓度 + 截距</i>
+    </p>
+    <p>
+        <i>浓度 = (比率 - 截距) / 斜率</i>
     </p>
     <p>
         另外，当前选择的重复测定样本的计算浓度也显示在校准表上。此处得到未知样品的浓度为 1.8554 fmol/ul。

pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/zh-CHS/invariant.html

@@ -494,7 +494,10 @@ <h2>View the calibration curve</h2>
         standard <b>y = m * x + b</b> equation 
     </p>
     <p>
-        <i>(concentration = slope * ratio + intercept)</i>
+        <i>ratio = slope * concentration + intercept</i>
+    </p>
+    <p>
+        <i>concentration = (ratio - intercept) / slope</i>
     </p>
     <p>
         Also, calculated concentration of the currently selected replicate is displayed on the calibration form. Here the concentration of the unknown

pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/CustomReports/ja/index.html

@@ -32,10 +32,10 @@ <h1 class="document-title">Skylineカスタムレポート</h1>
         表示を中心に説明します。Skylineで質量分析計の測定結果を検証し最適化する際に、結果およびドキュメントグリッドの列をカスタマイズして、重要な値にすぐにアクセスする方法を学びます。また、結果に注釈をつけ、統一的な用語を用いることで、さらなる解釈や他の人と結果を共有して議論するための方法についても学びます。この注釈もカスタムレポートでエクスポートできます。
     </p>
     <h1>はじめに</h1>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
         本チュートリアルを始める前に、次のzipファイルをダウンロードしてください。
     </p>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
         <a href="https://skyline.ms/tutorials/CustomReports.zip">https://skyline.ms/tutorials/CustomReports.zip</a>
     </p>
     <p>
@@ -159,8 +159,7 @@ <h1>簡単なカスタムレポートの作成</h1>
         <img src="s-05.png" />
     </p>
     <p>
-        <b>プレビュー</b>は、レポートテンプレートを設計する場合にかなり便利な機能です。レポートをファイルにエクスポートする代わりにこの機能を使うこともできます。ツールバー上のコピーボタン( <img
-            src="../../shared/copy-button.png" />)は、ヘッダー列を含むすべてのデータをコピーします。また、列ヘッダーの左にある長方形の枠をクリックして [ <b>プレビュー</b> ]
+        <b>プレビュー</b>は、レポートテンプレートを設計する場合にかなり便利な機能です。レポートをファイルにエクスポートする代わりにこの機能を使うこともできます。ツールバー上のコピーボタン( <img src="../../shared/copy-button.png" />)は、ヘッダー列を含むすべてのデータをコピーします。また、列ヘッダーの左にある長方形の枠をクリックして [ <b>プレビュー</b> ]
         フォームのすべての値を選択することもできます。Ctrl+Cキーを押すと、列ヘッダーを除くレポートのすべてがコピーされます。どちらかの方法でデータをコピーしたら、そのデータをExcelなどの別のツールに貼り付けることもできます。
     </p>
     <p>
@@ -242,14 +241,14 @@ <h1>レポートテンプレートの共有</h1>
         レポートテンプレートが本チュートリアル用に作成されたCustomReportsフォルダの「Overview.skyr」ファイルに保存されます。これであなたが作成した分析ツールを、共同研究者と共有したり、また、原稿の補足データとして使用したりできるようになります。
     </p>
     <h1>Skylineでのレポートテンプレートの管理</h1>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
 
         共有したカスタムレポートテンプレートを他の人がどのように使用するかを理解するには、<br />まずそのテンプレートを自分のシステムから削除する必要があります。その後、前のセクションで作成した共有レポートファイル「Overview.skyr」を他の人から取得したかのように追加して戻すことができます。
     </p>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
         [ <b>レポートをエクスポート</b> ] フォームは、前のセクションで手順を実施した後もまだ開いたままです。Skylineの設定から「Overview」レポートテンプレートを削除するには、以下の操作を行います。
     </p>
-    <ul class="keep-next">
+    <ul>
         <li>[ <b>リストを編集</b> ] ボタンをクリックします。</li>
         <li>[ <b>レポートを管理</b> ] フォームのリストから「Overview」項目を選択します。</li>
     </ul>
@@ -383,7 +382,9 @@ <h1>既存のレポートテンプレートの変更</h1>
         <li>一番右にある上向き矢印を、[ <b>タンパク質名</b> ] フィールドがリストの一番上に来るまでクリックします。</li>
     </ul>
     <p>
-        このようにして、一番右にある上下の矢印ボタンを使用して自分に最適な順序に並べ替えることができます。また、矢印ボタンの上にある「X」ボタンを使用するか、左側にあるリストでチェックマークをオフにすると、誤って追加してしまったフィールドを削除できます。<br />本チュートリアルでは、列リストにこれ以上変更を加えずに続けます。
+        このようにして、一番右にある上下の矢印ボタンを使用して自分に最適な順序に並べ替えることができます。また、矢印ボタンの上にある
+        「X」ボタンを使用するか、左側にあるリストでチェックマークをオフにすると、誤って追加してしまったフィールドを削除できます。本チュート
+        リアルでは、列リストにこれ以上変更を加えずに続けます。
     </p>
     <p>
         作成したレポートテンプレートの現在のドキュメントの値をプレビューするには、以下の操作を行います。
@@ -417,7 +418,7 @@ <h1>既存のレポートテンプレートの変更</h1>
     </p>
     <ul>
         <li>右側にある列リストで「同位体標識タイプ」を選択します。 </li>
-        <li>列リストの右端にある「<b>X</b>」ボタンをクリックします。</li>
+        <li>列リストの右縁にある「<b>X</b>」ボタンをクリックします。</li>
     </ul>
     <p>
         もう一度 [ <b>プレビュー</b> ] ボタンをクリックすると、[ light同位体標識タイプ ] と [ heavy同位体標識タイプ ] の両列が削除されたことが確認できますが、本チュートリアルでは、以下の操作を行って作業した内容を保存します。
@@ -616,7 +617,9 @@ <h1>[ 結果グリッド ] 表示</h1>
         表示のその他すべての列はSkylineによって計算され、編集はできませんが、どの列をどの順で表示するかは変更できます。列の中には、上記画像ではスクロールしないと表示されないものもあります。表示されるプリカーサー結果列の数を少なくするには、以下の操作を行います。
     </p>
     <ul>
-        <li>[ <b>結果グリッド</b> ] の上部にある [ <b>レポート</b> ] ボタンをクリックし、[ <b>レポートをカスタマイズ</b> ] を選択します。</li>
+        <li>
+            [ <b>結果グリッド</b> ] の上部にある [ <b>レポート</b> ] ボタンをクリックし、[ <b>レポートをカスタマイズ</b> ] を選択します。
+        </li>
         <li>[ レポート名 ] フィールドに「NewResultsGridView」と入力します。</li>
         <li>[ <b>レポートをカスタマイズ</b> ] フォームで、[ <b>最小開始時間</b> ]、[ <b>最大終了時間</b> ]、[ <b>ライブラリ内積</b> ]
             の各列に対し、リストボックス内の列名をクリックしてからリストボックスの右側にあるXボタンをクリックします。</li>
@@ -644,7 +647,8 @@ <h1>カスタム注釈</h1>
         <li>値のリスト</li>
     </ol>
     <p>
-        最後の2種類の注釈を使用すると、データを処理している間に管理用語で情報が収集できます。これは後でSkylineレポートでエクスポートし、他のツールを用いた統計分析の入力として使用できます。
+        最後の2種類の注釈を使用すると、データを処理している間に管理用語で情報が収集できます。これは後でSkylineレポートでエクスポートし、
+        他のツールを用いた統計分析の入力として使用できます。
     </p>
     <p>
         簡単で新しいTrue/False注釈を定義するには、以下の手順を実施します。
@@ -682,7 +686,7 @@ <h1>カスタム注釈</h1>
         <li>[ <b>ターゲット</b> ] 表示でペプチド「ESDTSYVSLK」のプリカーサー要素「564.7746++」を選択します。</li>
     </ul>
     <p>
-        [ <b>結果グリッド</b> ] のカスタム表示には新しい [ Tailing ] 列が表示されませんが、これは追加できます。
+        [ <b>結果グリッド</b> ] のカスタムレポートには新しい [ Tailing ] 列は表示されませんが、これは追加できます。
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>結果グリッド</b> ] の上部にある [ <b>レポート</b> ] ドロップダウンをクリックし、[ <b>レポートを編集</b> ] を選択します。</li>
@@ -716,7 +720,7 @@ <h1>カスタム注釈</h1>
         これでSkylineカスタムレポートで新しい [ <b>Tailing</b> ] 注釈をエクスポートできます。これは [ <b>プリカーサー結果</b> ] フィールドグループに表示されます。
     </p>
     <h1>結論</h1>
-    <p class="keep-next">
+    <p>
 
         本チュートリアルでは、あなたが、Skylineターゲット質量分析法ドキュメントにある多くの値にアクセスすることを可能にする、Skylineの柔軟なカスタムレポートを紹介しました。これらのレポートは、Skyline内のデータ分析から、R、Matlab、Java、C++でコード化されたカスタムプログラムやExcelを使用したより複雑な統計分析への移行を円滑にします。また、これらのレポートテンプレートを通して利用可能であり、データ品質に関する指標を迅速に提供可能な要約統計量について学びました。カスタムレポートテンプレートは共同研究者と共有したり、発表論の補足資料として共有したりすることができ、Skylineが複数のベンダーをサポートしていることを活用して、他の人が異なる装置でも新しいデータセットで同じ分析を繰り返せるようにしています。最後に、Skylineの<b>結果グリッド</b>を使用して、Skylineレポートで利用可能な多数の値にすぐにアクセスし、カスタム注釈を使用して作業し、豊富な新しい情報をドキュメントに追加できるようにする方法を学びました。今までこれらの機能を認識していなかったのであれば、Skylineで実現可能な実験範囲を確実に広げることができるでしょう。
     </p>