A2_intro_env.qmd

# Configuración del ambiente de trabajo en R

En R puedes hacer operaciones básicas como una suma o división simplemente escribiendo la instrucción en la consola, e.g.,`27 + 4`, `3 / 4`. Para hacer cálculos más complejos como calcular la mediana de un set de datos o leer una tabla de valores, usamos **funciones** que son programas predeterminados en R. Así mismo, para cálculos aún más complejos como hacer un análisis de expresión diferencial de genes o generar un gráfico, usamos **paquetes** que son un amplio conjunto de funciones preprogramadas que permiten hacer este tipo de análisis sin necesidad de tener habilidades de programación.

## Instalar y cargar paquetes en R

Una de las grandes ventajas de R es que existen numerosos paquetes que permiten agregar funcionalidades adicionales al lenguaje, incluyendo análisis de secuencias, herramientas avanzadas de visualización, etc.

Los principales repositorios de paquetes son: [CRAN](https://cran.rediris.es/), [Bioconductor](https://www.bioconductor.org/), y [GitHub](https://github.com/). Durante este curso vamos a ir utilizando diferentes paquetes que vamos a ir instalando. A modo de ejemplo estas son las instrucciones para instalar el paquete `tidyverse`, para manipular tablas y realizar gráicos.

    install.packages("tidyverse")

Una vez instalado, cada vez que vayamos a utilizar este paquete, al inicio de la sesión o el script, escribimos

    library(tidyverse)

## Definir directorio de trabajo

Cada vez que se abre una nueva sesión de R, lo segundo que debemos hacer (después de cargar los paquetes necesarios) es definir el directorio de trabajo en nuestra computadora.

Para esto lo ideal es definir una carpeta de trabajo (por ejemplo `MCV502`), y dirigir a RStudio a utilizar esta carpeta como lugar de trabajo.

**RStudio**:

1.  Abre RStudio y dirígete a la pestaña `Files`.

2.  Navega por los directorios de tu computador hasta la ubicación de la carpeta que hayas definido (por ejemplo `MCV502`)

3.  Selecciona la carpeta, una vez dentro puedes definirla como tu **directorio de trabajo**. Para ello, haz clic en `More` -\> `Set As Working Directory`.