Iteration 1: codebook contains NaN or Inf values

[yanglianbing18]

The result after each iteration of som is the same, no change

[yanglianbing18]

The weight matrix is nan every time

[yanglianbing18]

this the code
import numpy as np
from somoclu import Somoclu
from sklearn.preprocessing import StandardScaler

生成示例数据并确保数据类型为float32

data = np.random.rand(10000, 3).astype(np.float32)

数据标准化

scaler = StandardScaler()
data = scaler.fit_transform(data).astype(np.float32)

再次检查数据是否包含 NaN 或 Inf

if np.any(np.isnan(data)) or np.any(np.isinf(data)):
raise ValueError("Input data contains NaN or Inf values.")

设置SOM网格大小

n_rows, n_columns = 20, 20

初始化Somoclu对象

som = Somoclu(n_columns, n_rows)

记录初始BMU

initial_bmus = som.get_bmus(data)

记录每次迭代后的BMU

iterations = 10
bmus_history = []

训练SOM并记录BMU变化

for epoch in range(iterations):
print(f"Training epoch {epoch + 1}...")

# 使用合理的训练参数
som.train(data, epochs=1, radius0=5, radiusN=1, scale0=0.05, scaleN=0.005)

# 强制将 codebook 转换为 numpy 数组
codebook_array = np.array(som.codebook)

# 检查权重矩阵是否包含 NaN 或 Inf
if np.any(np.isnan(codebook_array)) or np.any(np.isinf(codebook_array)):
    print(f"Iteration {epoch + 1}: codebook contains NaN or Inf values.")
    print(f"NaN indices: {np.where(np.isnan(codebook_array))}")
    print(f"Inf indices: {np.where(np.isinf(codebook_array))}")
    raise ValueError(f"Iteration {epoch + 1}: codebook contains NaN or Inf values.")

# 记录BMU
bmus = som.get_bmus(data)
bmus_history.append(bmus)

# 打印权重矩阵
print(f"第 {epoch + 1} 次迭代后的权重矩阵：")
print(codebook_array)

# 计算BMU变化
changes = np.sum(initial_bmus != bmus)
print(f"迭代 {epoch + 1} 后的 BMU 变化: {changes}")
initial_bmus = bmus  # 更新初始BMU用于下次比较

检查每次迭代后的BMU变化

for i, bmus in enumerate(bmus_history):
changes = np.sum(initial_bmus != bmus_history[0]) # 比较每次迭代后的BMU与初始BMU
print(f"迭代 {i + 1} 后的 BMU 变化: {changes}")

[xgdgsc]

什么版本的python和环境

[yanglianbing18]

python3.9

[yanglianbing18]

但是我调用MiniSom写时，权值和分类类别值会更新，Somoclu就更新不了

[xgdgsc]

pip安装的还是anaconda里装的

[yanglianbing18]

anaconda里装的

…

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "peterwittek/somoclu" ***@***.***>; 发送时间: 2024年7月30日(星期二) 中午12:39 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [peterwittek/somoclu] Iteration 1: codebook contains NaN or Inf values (Issue #176) pip安装的还是anaconda里装的 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

[xgdgsc]

什么系统 什么版本的somoclu

[yanglianbing18]

win10\1.7.6

[xgdgsc]

但epoch>1的时候都正常? 感觉一般没遇到过用epoch=1的?

[yanglianbing18]

不正常，基本不变

…

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "peterwittek/somoclu" ***@***.***>; 发送时间: 2024年8月3日(星期六) 中午11:45 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [peterwittek/somoclu] Iteration 1: codebook contains NaN or Inf values (Issue #176) 但epoch>1的时候都正常? 感觉一般没遇到过用epoch=1的? — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

[xgdgsc]

一般用法不是epoch>1然后运行完再看?没见过epoch=1然后外面循环的

[yanglianbing18]

有个初始的结果

…

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "peterwittek/somoclu" ***@***.***>; 发送时间: 2024年8月3日(星期六) 中午11:51 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [peterwittek/somoclu] Iteration 1: codebook contains NaN or Inf values (Issue #176) 一般用法不是epoch>1然后运行完再看?没见过epoch=1然后外面循环的 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>