update document link styles

Author: xieguigang

metadeco/1.3projects.md

@@ -43,6 +43,8 @@
 <br/>
 在页面的右边，每一个项目都会有三个操作按钮：
 <br/>
+<br/>
+
 + **分析文件**：点击这个按钮将会进入文件管理页面，进行原始数据文件的上传和删除操作。用户也可以在文件管理页面之中编辑实验分组信息
 + **直接分析**：点击这个按钮，将会跳转至参数编辑页面，在设定完计算分析参数之后就可以创建解卷积计算任务了
 + **查看任务**：点击这个按钮将会跳转至任务列表页面，查看当前的这个项目下的所有任务

metadeco/1.4files.md

@@ -16,7 +16,7 @@
 <br/>
 <br/>
 
-> 请注意：在进行任务创建的时候，<span style="color:red;">要求用户至少选择一组原始数据</span>。假若解卷积的结果数据还需要上传至**``BioDeep``**在线计算分析平台进行多元统计分析，<span style="color:red;">则至少要求用户的数据有两组实验数据</span>。故而当用户只选择了一个实验分组的数据的时候，可以成功的进行一级质谱结果数据的解卷积操作，但是却无法正常的进行后续的实验数据的多元统计分析操作。
+> 请注意：在进行任务创建的时候，*要求用户至少选择一组原始数据*。假若解卷积的结果数据还需要上传至**``BioDeep``**在线计算分析平台进行多元统计分析，*则至少要求用户的数据有两组实验数据*。故而当用户只选择了一个实验分组的数据的时候，可以成功的进行一级质谱结果数据的解卷积操作，但是却无法正常的进行后续的实验数据的多元统计分析操作。
 
 ### **使用文件管理器**
 

metadeco/1.6tasks.md

@@ -33,7 +33,7 @@
 
 在用户所下载的结果数据压缩包之中，包含有下列的文件：
 <br/>
-+ **1.&nbsp;**<span style="color:red;">**sampleInfo.txt**</span>：用户的样品分组信息。样品文件与分组关系和分组的名称来自于用户在文件管理模块之中的操作结果，在进行biodeep数据多元统计分析的时候需要有这个样品信息来设置比对的组别计算出差异代谢物
-+ **2.&nbsp;peaktable.csv**：用户的样品数据的解卷积的原始结果。这个表格文件存储的内容包括有一级质谱结果数据以及分子在每一个样品中相应的表达量结果数据
-+ **3.&nbsp;**<span style="color:red;">**data.csv**</span>：从``peaktable.csv``之中取出来的表达量矩阵。用户可以将这个文件上传至biodeep数据分析平台进行多元统计分析
-+ **4.&nbsp;align.png**：对多组实验数据的``alignment``结果图
++ **1.&nbsp;** *sampleInfo.txt*：用户的样品分组信息。样品文件与分组关系和分组的名称来自于用户在文件管理模块之中的操作结果，在进行biodeep数据多元统计分析的时候需要有这个样品信息来设置比对的组别计算出差异代谢物
++ **2.&nbsp; peaktable.csv**：用户的样品数据的解卷积的原始结果。这个表格文件存储的内容包括有一级质谱结果数据以及分子在每一个样品中相应的表达量结果数据
++ **3.&nbsp;** *data.csv*：从``peaktable.csv``之中取出来的表达量矩阵。用户可以将这个文件上传至biodeep数据分析平台进行多元统计分析
++ **4.&nbsp; align.png**：对多组实验数据的``alignment``结果图

metadiscovery/1.2new_project.md

@@ -9,10 +9,8 @@
 点击【新增】，弹出新建对话框，请填写项目编号即合同编号、项目名称以及选择项目类型，项目图片及项目描述选填。
 <br/>
 <br/>
-<p class="discoveryImg">
 
 ![](user-guide/metadiscovery/images/new_project.png)
 
-</p>
 <br/>
 <br/>

metadiscovery/1.7dataformat.md

@@ -23,7 +23,7 @@ XCMS程序处理过的矩阵文件（包含代谢物、每个样本代谢物的
 
 ### **2. 样本meta即分组信息(示例数据：<p style="width: 16px;height: 16px;display: inline-block;text-indent: 0em;"><img src="user-guide/metadiscovery/images/icon_txt.gif"></p>[sampleinfo.txt](user-guide/metadiscovery/rawfiles/sampleinfo.txt))**
 
-格式支持txt以及csv。其中，<span style="color: red;">上传后请在下图红框标记处进行图形颜色和图形形状更改。</span>
+格式支持txt以及csv。其中，*上传后请在下图红框标记处进行图形颜色和图形形状更改。*
 <br/>
 <br/>
 
@@ -34,11 +34,11 @@ XCMS程序处理过的矩阵文件（包含代谢物、每个样本代谢物的
 
 **备注：ID: 解卷积后的矩阵信息中样本的名称；sample_name：每个样本在图中的命名；sample_info：样本分组信息；injectionOrder：进样顺序；batch：批次；color：样本在图中的颜色。**
 
-#### **<span style="color: red;">注意</span>**
+#### ***注意***
 
-**<span style="color: red;">1. ID, sample_name, sample_info为必须，injection_order, batch，可用于批次归一化。</span>**
+*1. ID, sample_name, sample_info为必须，injection_order, batch，可用于批次归一化。*
 
-**<span style="color: red;">2. 如检测过程中有QC样本，sample_info名称必须命名为QC。如检测过程中有Blank样本，sample_info名称必须命名为Blank。</span>**
+*2. 如检测过程中有QC样本，sample_info名称必须命名为QC。如检测过程中有Blank样本，sample_info名称必须命名为Blank。*
 <br/>
 <br/>
 

metanno/1.3projects.md

@@ -8,7 +8,7 @@
 
 ### **创建项目和编辑项目**
 
-用户可以直接点击页面的左上角的【+新增】按钮来创建新的标准品库；可以点击【删除】按钮将与该标准品库相关的注释信息文件，原始实验数据直接从服务器删除干净。点击了【+新增】按钮之后，网页将会跳出一个对话框，用户在其中输入标准品库的名称，LibName和摘要描述信息之后就可以创建一个分析项目了<span style="color: red">（其中，LibName在第一次输入后无法重新编辑，请用户慎重填写）</span>。如果想要修改所保存的标准品库信息，可以点击标准品库的名称标题旁边的【修改】按钮重新编辑。
+用户可以直接点击页面的左上角的【+新增】按钮来创建新的标准品库；可以点击【删除】按钮将与该标准品库相关的注释信息文件，原始实验数据直接从服务器删除干净。点击了【+新增】按钮之后，网页将会跳出一个对话框，用户在其中输入标准品库的名称，LibName和摘要描述信息之后就可以创建一个分析项目了 *（其中，LibName在第一次输入后无法重新编辑，请用户慎重填写）*。如果想要修改所保存的标准品库信息，可以点击标准品库的名称标题旁边的【修改】按钮重新编辑。
 
 #### **新增标准品库**
 点击【新增】，弹出新建对话框，填写标准品库标题，LibName及标准品库描述选填。 

metanno/1.6new_task.md

@@ -13,7 +13,7 @@
 <br/>
 <br/>
 
-或者通过点击导航栏标准品库下的<span style="color: red">【小分子化合物注释】</span>按钮创建注释任务
+或者通过点击导航栏标准品库下的 *【小分子化合物注释】* 按钮创建注释任务
 <br/>
 <br/>
 
@@ -43,7 +43,7 @@
 <br/>
 <br/>
 
-如果当前样本数据中没有用户需要的数据，用户可以点击<span style="color: red;">没有您需要的样本数据？</span>进行新建样本数据操作，项目新建成功之后用户可以在[metadeco](http://mz.biodeep.cn/)中上传原始数据文件
+如果当前样本数据中没有用户需要的数据，用户可以点击*没有您需要的样本数据？*进行新建样本数据操作，项目新建成功之后用户可以在[metadeco](http://mz.biodeep.cn/)中上传原始数据文件
 <br/>
 <br/>
 

metanno/1.8shareLibrary.md

@@ -6,7 +6,7 @@
 
 用户可以在标准品库市场主页查看其它用户共享的标准品库信息，以及对自己有兴趣的标准品库进行收藏。
 
-用户可以通过点击导航栏标准品库下的<span style="color: red">【标准品库市场】</span>按钮查看共享的标准品库信息
+用户可以通过点击导航栏标准品库下的 *【标准品库市场】* 按钮查看共享的标准品库信息
 <br/>
 <br/>
 

metanno/1.9BiodeepLibrary.md

@@ -15,7 +15,7 @@
 <br/>
 <br/>
 
-点击<span style="color: red;">（浏览数据库）</span>进入浏览biodeep数据库中所有共享的数据库页面
+点击 *（浏览数据库）* 进入浏览biodeep数据库中所有共享的数据库页面
 <br/>
 <br/>
 
@@ -42,7 +42,7 @@
 <br/>
 <br/>
 
-输入你想要查找的标准品库名称或者分子式等，点击<span style="color: red;">【search】按钮</span>查找你所需要的标准品库
+输入你想要查找的标准品库名称或者分子式等，点击 *【search】按钮* 查找你所需要的标准品库
 <br/>
 <br/>
 

platform/2.1quote.md

@@ -20,11 +20,17 @@ BioDeep开源了自己的一部分代谢组学原始数据处理程序源代码
 
 ## 方法以及数据库DOI文献引用
 
+MetaDNA文献引用以及BioDeep平台物质注释程序算法原理请参见： http://www.metabolomics-shanghai.org/publications.php
+
 BioDeep MetAnno物质注释平台是基于前人的研究工作而开发的，如果您使用MetAnno，觉得对您的工作有帮助，您可以引用：
 
 > + MetDIA: Targeted Metabolite Extraction of Multiplexed MS/MS Spectra Generated by Data-Independent Acquisition. DOI: 10.1021/acs.analchem.6b02122
 > + Metabolic Reaction Network-based Recursive Metabolite Identification for Untargeted Metabolomics. DOI: https://doi.org/10.1101/305201
 
 BioDeep代谢组学在线云分析平台的质谱标准品库数据一部分来源于MoNA公共库：
 
-> http://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/
+> http://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/
+
+物质信息库自动化构建于NCBI PubChem数据库
+
+> https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

platform/3.0getMoney.md

@@ -6,18 +6,9 @@
 
 #### **您可以通过以下几种方式获取更多的米克币**
 
-<br/>
 
-[完善个人信息](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#basic_info)
-
-<br/>
-
-[邀请好友注册](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#website_share)
-
-<br/>
-
-[提出改进意见](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#feedback)
-
-<br/>
-
-[分享您的Biodeep名片并且获取点赞](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#website_share)
++ [完善个人信息](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#basic_info)
++ [邀请好友注册](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#website_share)
++ [提出改进意见](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#feedback)
++ [分享您的Biodeep名片并且获取点赞](http://my.biodeep.cn/index.php?app=settings#website_share)
++ 每日登陆签到