🚀 Quick Start – Pipeline d’installation et d’exécution

🧩 Commandes rapides

Objectif	Commande
Exécuter l’ensemble du pipeline (par défaut)	./run_all_pipeline.sh
Lancer uniquement les étapes “infra” et “raw”	./run_all_pipeline.sh --only infra,raw
Ignorer l’étape OMOP	./run_all_pipeline.sh --skip omop
Relancer uniquement le push MinIO → HAPI et vérifier les comptes	./run_all_pipeline.sh --only minio-to-hapi,hapi-gate
Réinitialiser complètement la stack puis exécuter le pipeline complet	./run_all_pipeline.sh --reset

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⚙️ Environnement requis

Le script run_all_pipeline.sh est écrit en Bash et repose sur des outils Unix/MSYS qui ne sont pas disponibles dans CMD ou PowerShell.

Pourquoi ça ne fonctionne pas sous CMD/PowerShell ?

Le script utilise :

• Des fonctions et syntaxes spécifiques à Bash ($(...), set -euo pipefail, etc.) ;
• Des outils Unix (grep, awk, sed, perl, dos2unix, mktemp) fournis avec Git Bash (MSYS2) ;
• Des variables MSYS (MSYS_NO_PATHCONV, MSYS2_ARG_CONV_EXCL) spécifiques à l’environnement Git Bash ;
• La commande pwd -W (propre à MSYS) pour convertir /c/... en C:\... lors des montages Docker ;
• Des appels Docker utilisant /bin/sh et une syntaxe de guillemets POSIX non compatible avec PowerShell.

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🖥️ Comment exécuter le script sous Windows

Choisissez une des options suivantes :

✅ Option 1 — Lancer via Git Bash (recommandé)

1. Clic droit dans le dossier → “Git Bash Here”
2. Exécutez :

   ./run_all_pipeline.sh --reset

⚙️ Option 2 — Depuis PowerShell

& "C:\Program Files\Git\bin\bash.exe" -lc "$([IO.Path]::Combine($PWD.Path,'run_all_pipeline.sh')) --reset"

⚙️ Option 3 — Depuis CMD

"C:\Program Files\Git\bin\bash.exe" -lc "./run_all_pipeline.sh --reset"

🐧 Option 4 — Depuis WSL

wsl bash -lc "'$(wslpath (Resolve-Path .\run_all_pipeline.sh))' --reset"

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🔒 Vérification des ports

Avant d’exécuter le pipeline, assurez-vous que les ports suivants sont libres sur votre machine :

Port	Utilisation typique
9090	Service HAPI FHIR
9001	Console MinIO
8080	Interface Web / passerelle

👉 Si un de ces ports est déjà occupé, arrêtez le service correspondant ou modifiez la configuration avant le lancement du pipeline.