IDF/SDRF/データファイルをチェック。ルール
singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i IDF [-s SDRF] [-t BioSample tsv] [-o output directory of corrected file] [-a] [-m md5 checksum file] [-d]
- -i: IDF を指定（必須）
- -s: SDRF を指定。無い場合は IDF のパスから導出。例 study/MTBKS1/MTBKS1.idf.txt → study/MTBKS1/MTBKS1.sdrf.txt（任意）
- -t: BioSample tsv を指定。ある場合は BioSample との整合性チェックを実施（任意）
- -o: auto-correct された IDF/SDRF ファイルの出力ディレクトリ。デフォルトは IDF と同じ場所に MTBKS1.corrected.idf.txt のように生成（任意）
- -a: auto-correct を実施。デフォルトは未実施（任意）
- -m: md5 値を md5sum コマンドの出力ファイルとして指定。指定した場合、SDRF 中の md5 値は無視される（任意）
- -d: データファイル (raw, processed, maf) のチェックを実施
使い方の例
- auto-correct 無し
- データファイルチェック有り
singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -d
加えて md5 値を MTBKS302.md ファイルとして指定。
singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -d -m MTBKS302.md
- auto-correct 有り
- データファイルチェック無し
singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -a
MetaboBank metadata excel から IDF/SDRF tsv ファイルを生成
Options
- -i: MetaboBank metadata excel
- -f: base filename (指定しない場合 .xlsx を除いたエクセルファイル名を使用)
ruby mbexcel2idfsdrf.rb -i MBS-22_1_LC-MS_metadata.xlsx -f test
test.idf.txt
test.sdrf.txt
ruby mbexcel2idfsdrf.rb -i MBS-22_1_LC-MS_metadata.xlsx
MBS-22_1_LC-MS_metadata.idf.txt
MBS-22_1_LC-MS_metadata.sdrf.txt
base filename をファイル名として IDF/SDRF ファイルが生成される
- [base filename].idf.txt
- [base filename].sdrf.txt
IDF は MAGE-TAB 1.1 以降を、SDRF は Source Name 以降を出力