Skip to content

Algorithm for detection and segmentation of scanning electron microscopy images of spherical nanoparticles on the surface of biocompatible materials. A study was conducted of various modern methods for generating synthetic data sets. A set of 4 thousand images was automatically marked and cleaned. A local interface for interaction.

License

Notifications You must be signed in to change notification settings

deneal123/MicroscopeAI

Repository files navigation

Typing SVG


Приложение (локальный-интерфейс) предназначенное для измерения размеров наночастиц сферической формы. В настоящее время находится в разработке.

Разработка алгоритма классификации и сегментации СЭМ-изображений сферических наночастиц на поверхности биосовместимых материалов Вольхин Д.Ф - НИУ МИЭТ // Микроэлектроника и информатика 2024.

Установка

  1. Клонируйте репозиторий или скачайте репозиторий и распакуйте в удобное место.
git clone https://github.com/deneal123/MicroscopyAI.git
  1. Запустите файл setup.but и выберите вариант "Установка MicroscopeAI".
  2. Скачайте и распакуйте архив cudnn_windows в корень репозитория
  3. После установки всех необходимых зависимостей установите файлы cudnn, выбрав вариант "Установка cudnn файлов" в setup.bat.
  4. Скачайте модели детекции, модель сегментации и модель классификации, распаковав их по путям weights/weights_detect, weights/weights_seg и weights/weights_class в корень директории репозитория соответственно.
  5. Для запуска приложения можно использовать соответсвующий пункт 'Запуск Web-UI в браузере' в setup.bat или запустить webui.bat.

Дополнительно

Для работы приложения необходимо наличие весов соответствующих моделей, которые могут быть заменены, в указанных директориях:

  • "/weights/weights_detect/best_detect_3.pt" Yolov8x
  • "/weights/weights_detect/best_detect_bbox.pt" Yolov8m
  • "/weights/weights_detect/best_detect_bboxstick.pt" Yolov8m
  • "/weights/weights_detect/best_detect_minibbox.pt" Yolov8m
  • "/weights/weights_seg/" UEffifientNetB3 Архитектура модели в библиотеке ./library

Если хотите использовать другие веса, необходимо модернизировать функцию default_path() в скрипте config_file.py, заменив соответствующие названия весов.

Пример работы алгоритма

Пример работы алгоритма

Как работает приложение?

Блокс схема алгоритма

Лицензия

Этот проект распространяется под лицензией GPLv3.

Цитирование

@article{2025nanoparticles,
    title={Development of a Classification and Segmentation Algorithm for SEM Images of Spherical Nanoparticles on the Surface of Biocompatible Materials},
    author={Ryabkin, Volkhin},
    journal={Economics and systems of communication quality},
    number={35},
    pages={101--110},
    year={2025},
    url={https://cyberleninka.ru/article/n/razrabotka-algoritma-klassifikatsii-i-segmentatsii-sem-izobrazheniy-sfericheskih-nanochastits-na-poverhnosti-biosovmestimyh},
}

About

Algorithm for detection and segmentation of scanning electron microscopy images of spherical nanoparticles on the surface of biocompatible materials. A study was conducted of various modern methods for generating synthetic data sets. A set of 4 thousand images was automatically marked and cleaned. A local interface for interaction.

Topics

Resources

License

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published