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sci-skill — 科研医学 Agent 技能套件

覆盖「脱敏 → 调研 → 选题 → 标书 → 综述 → 文献 → 深研 → 分析/统计 → 作图 → 写论文 → 去 AI 味 → 排版(PDF/Word) → 评审 → 查假引用」全链路的 20 个 Agent 技能(SKILL.md 格式,跨框架通用:OpenCode / OpenClaw / WorkBuddy / Claude Code 等)。顶层主控即常驻的 AGENTS.md(Claude Code 读其镜像 CLAUDE.md)——它直接判意图 → 选流水线 → 派发,套件内不再有独立"总控"技能。 Python 统一走项目根 .venv(正斜杠路径,bash/PowerShell 通用),不写死任何机器路径,git clone 到任意电脑即可用。

一键安装

# Windows
git clone https://github.com/imwei25/sci-skill && cd sci-skill
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File install.ps1          # 加 -WithPdf 连 pandoc/xelatex 一起装
# Linux / macOS
git clone https://github.com/imwei25/sci-skill && cd sci-skill
bash install.sh                                               # 加 --with-pdf 连 pandoc/xelatex 一起装

安装脚本:在仓库根建 .venv → 装 scripts/requirements-skills.txt 全部依赖 → 校验所有 SKILL.md(无 BOM、frontmatter 合法)。也可以让 agent 直接跑仓库里的 env-setup 技能完成同样的事。

怎么加载进各框架

技能都在 skills/,每个是一个 <name>/SKILL.md 目录。

  • OpenCode:把 skills/* 放进项目的 .opencode/skills/(或就在本仓库根 opencode)。
  • OpenClaw:在配置 skills.load.extraDirs 里加上本仓库的 skills/ 路径(它会自动发现,最深 6 层)。
  • WorkBuddy:把 skills/* 复制到它的技能根(通常 ~/.workbuddy/skills-marketplace/skills/,以实际为准)。
  • Claude Code:把 skills/* 放进 .claude/skills/

加载后,技能靠对话内容匹配 description 触发(不是斜杠命令)。例:「核对这几个 DOI 是不是真的」→ reference-check;「画一张 Nature 级森林图」→ nature-figure

完整目标由常驻主控编排:说「我要写一篇 XX 的综述 / 论文 / 标书」→ 顶层 agent 读常驻的 AGENTS.md(Claude Code 读 CLAUDE.md)判意图 → 选流水线(review / systematic / grant / paper / research)→ 按 §三 顺序依次调用各技能,产物写 outputs/,边做边汇报。单步明确任务(只画图/只查引用/只脱敏)直接触发对应技能。

解释器约定

各技能调 Python 一律用项目根 .venv

  • Windows:.venv/Scripts/python.exe
  • Linux / macOS:.venv/bin/python

没有 .venv 时,先跑 install.* 或让 agent 跑 env-setup 技能。

20 个技能

顶层主控是常驻的 AGENTS.md(判意图 → 选流水线 → 派发),不是下表里的某个技能。

方向 技能 说明
环境自举 env-setup 查 Python→建 .venv→装依赖+pandoc;换机器先跑它
数据脱敏 deidentify 上传患者数据前去标识化(身份证/手机/住院号/姓名…)
调研 research-scan 领域现状/趋势/空白 → 调研简报
选题 topic-selection 找空白、提假设、多棱镜打分(可选对抗式研究)
新颖性/预注册 novelty-check 严格新颖性裁定(真新/增量/已回答/有争议)+ 预注册锁(防 HARKing);采数前做预注册,数据已备时可选做新颖性裁定
写标书 grant-proposal 国自然 / NIH 结构 + 经费预算,起草与润色
写论文 write-paper 原创研究论文 IMRaD 全流程 + 投稿信 + 审稿回复
综述 literature-review 多路检索建证据表 → 有引用的综述
系统综述 systematic-review 双人筛选+κ / 偏倚风险(RoB) / GRADE / PRISMA 计数,去重+计数脚本
文献检索 search-lit PubMed + Europe PMC(国内可达),API 核实,出 BibTeX
文献下载 fulltext-retrieval 按 DOI 从 OA 源(Unpaywall/PMC/OpenAlex) 下全文 PDF
深度研究 deep-research 多源检索 + 交叉核实 + 带引用报告
数据分析 data-analysis pandas/scipy/statsmodels + 医学统计护栏
临床统计 clinical-stats Table 1 基线特征表 + 样本量/把握度计算
作图 nature-figure Nature 级图工作流,matplotlib/seaborn,SVG/PDF/TIFF
去 AI 味 humanize-academic 去机器腔(中英文)、数字/引用不变量校验
期刊排版(PDF) render-pdf-doc Markdown→出版级 PDF(pandoc+xelatex,中文自动字体)
投稿排版(Word) render-docx Markdown→Word .docx(pandoc,医学期刊多要 Word)
论文/标书评审 peer-review 逐节剖析 + 报告规范(CONSORT/PRISMA…) + 审稿意见
文献真实性核查 reference-check 对 Crossref/Europe PMC 查假引用(不存在/张冠李戴/虚构)

= 直接引入的现成开源技能(vendored),来源与许可见 THIRD_PARTY_SKILLS.md;其余为适配自研。改进历史见 docs/improvement-log.md

实测注意

  • 中国大陆网络:文献检索/下载/核查已默认走 Europe PMC / Crossref / OpenAlex(国内可达)——search-lit 无 MCP 时首选 Europe PMC(epmc_* 命令),literature-review/reference-check/fulltext-retrieval 均走可达源。NCBI E-utilities 仅在境外/代理时用。
  • render-pdf-doc 排中文已自动处理:脚本按内容探测,含汉字自动用 Microsoft YaHei(Windows)/ Noto Sans CJK SC(Linux),无需手动 --cjk-font;frontmatter 若写了字体则尊重之。需先 install.* -WithPdf/--with-pdf 装 pandoc+xelatex(MiKTeX 首渲染宏包已由安装脚本设为自动补装)。
  • 投稿要 Wordrender-docx(只需 pandoc,不需 xelatex);上传患者数据前先用 deidentify 脱敏。
  • fulltext-retrieval --email 必须填真实邮箱(Unpaywall 拒 example.com)。
  • 一键安装已加固:install.ps1/install.sh 自动装 Python、pip 失败自动切清华镜像、逐步汇报成败(失败不谎报成功);加 -LinkClaude/--link-claude 可把技能复制进 ~/.claude/skills

许可

自研技能可自由使用。vendored 技能保留上游许可(Apache-2.0 / MIT),全文见 licenses/,改动说明见 THIRD_PARTY_SKILLS.md

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