vcf_proc

Scripts used for processing vcf files.

• 针对VCF文件中每个样本测序或者覆盖率不均衡现象, 将低于设定值的样本基因型改写为缺失

main

接收用户参数:

• -s: 指定想要过滤的选项名称, 用逗号分隔, 如想根据DP和GQ过滤, 则为 -s dp,gq
• -v: 指定-s中指定选项名称的数值, 低于该数值的样品基因型将被改写为缺失
• -f: 指定vcf文件路径, 支持使用相对路径或绝对路径
• -p: 指定输出文件的前缀, 如果不指定, 程序会根据输入vcf文件自动生成
• -d: 指定输出文件目录, 如果不指定, 将输出在当前程序运行的文件夹